Cuando se intenta timbrar un trabajador asimilado a salario manda error 1000, el problema principal es la plantilla que se tiene configurada en la configuración del trabajador.
Para solucionar este problema, debemos de dirigirnos a Nomina > Trabajadores seleccionamos al trabajador y lo editamos. Dentro de la configuración del trabajador nos dirigimos a la pestaña Fiscales y agregamos la plantilla correspondiente.
Después de agregar la plantilla, regresamos a intentar timbrar y no debería presentar problemas para timbrar.
Recomendación
En cada trabajador que se realice este proceso, se debe de agregar la plantilla correspondiente, de lo contrario, no se podrá timbrar.